Guerrero está siendo enjuiciada actualmente en la causa conocida como  “Pibes Villeros”, que investiga el  desvío de fondos públicos por un valor de casi 60 millones de pesos y  que estaban asignados a la construcción de viviendas sociales. Se trata  de la causa que tiene entre los elementos probatorios que sirven a la  acusación, de los videos que muestran a militantes extrayendo millones  de pesos desde ventanillas del Banco  Nación, sucursal San Salvador de Jujuy.
 Está imputada junto a Milagro Sala  y otros dirigentes de la organización  social, del presunto delito de “asociación ilícita”. Así también aparecen implicados ex funcionarios provinciales de la gestión Eduardo Fellner, entre ellos Lucio Abregú y Pablo  Tolosa, ex miembros del IVUJ.
 Según simpatizantes de los encartados, Shakira Guerrero fue operada  en tres oportunidades por un mismo  cuadro médico de eventración abdominal en menos de 8 meses. Se halla  detenida desde abril del año 2016.
 Desde el Comité por la Libertad de  Milagro Sala declararon ayer, “sentimos un poco de justicia si se puede  llamar de esa manera lo que sucede  en Jujuy, esta medida trae un poco de  alivio. Las heridas de Shakira son, no  sólo físicas sino psicológicas”, dado  el trámite impuesto por el juez de la  causa, quien le dictó prisión preventiva.
 Con anterioridad se había interpuesto similar petición desde la defensa, las cuales fueron rechazadas  atento a que los informes médicos  del Poder Judicial. Días atrás había  sufrido una descompensación e inclusive había intentado autolesionarse. Si bien se le otorgó la domiciliaria, el Juzgado de Instrucción de  Causas, dispuso una serie de estrictas  medidas debido al reciente antecedente de autoflagelación. No obstante el beneficio concedido  por el Tribunal, Guerrero deberá  asistir el martes a la próxima audiencia del juicio, día en el que deben declarar alrededor de siete testigos, cinco de ellos ex cooperativistas como  así también una ex contadora a propuesta de la defensa de Lucio Abregú. La siguiente audiencia de debate  se producirá el martes 29.